Министрдің айтуынша, тұтастай алғанда 2006-жылы ҚР ауылшаруашылығы министрлігінің жалпы шығындары 83,7 млрд. теңге көлемінде межеленді. Биылғы жылғымен салыстырғанда бұл министрліктің шығындары 3,1 млрд. теңгеге көбейтілді.
Су шаруашылығын дамытуға 14,5 млрд. теңге, орман және аң шаруашылығын дамытуға 4,8 млрд. теңге, балық шаруашылығын дамытуға 0,8 млрд. теңге қарастырылды.
Ауыл шаруашылығын институционалдық дамытуға 23,7 млрд. теңге көзделді.
Ауыл және су шаруашылықтарына субсидия бөлу арқылы мемлекеттік қолдауға 12,4 млрд. теңге бөлінбек. Бұл қаржының 9,9 млрд. теңгесі жергілікті бюджеттерге аударылады. Орман шаруашылығындағы шараларды қаржыландыруға бюджет жобасында 5,2 млрд. теңге көзделді. Сонымен бірге су қамтамасыздығы жүйелерін жаңалау және салуға 3,8 млрд. теңге қарастырылды.