Баспасөз қызметінің ақпаратына сәйкес, тексеру барысында көптеген заң бұзушылықтар анықталды, атап айтсақ, келісімнің қолданылу мерзімін заңсыз ұзарту, министрліктің лауазымды адамдардың құзіретіне жатпайтын мәселелер бойынша шешімдерді қабылдау және тағы басқа.
Мысалы, министрліктің жұмыс бағдарламасы мен жылдық жұмыс бағдарламасының келісімінде өзіне алған міндеттемелердің 70 пайызын ғана орындаған жауапкершілігі шектеулі серіктестіктерімен өзара қызмет мерзімін одан әрі ұзарту туралы шешімдер қабылдаған.
Ал "Жер қойнауы және жер қойнауын пайдалану туралы" заңы бойынша мердігер жоғарыда аталған міндеттерді толығымен орындаған кезде ғана келісімнің қолдану мерзімін ұзарта алады деп көрсетілген.
Мысалы, 2006 жылы "Ақтөбемұнайгаз" акционерлік қоғамы Жаңажол кенішінде 345 миллион шаршы метрден астам ілеспе мұнай газын жаққан. Бұл ретте, Геология және жер қойнауын пайдалану комитетінің аймақтық басқармасы аталған кеніште тек 243 млн шаршы метр, ал Кеңқияқ кенішінде -736 млн шаршы метр ілеспе газ жағуға рұқсат берген.
Осыған байланысты "Ақтөбемұнайгаз" акционерлік қоғамы Энергетика және минеральдық ресурстар министрлігіне ілеспе газды нормадан жоғары жағу туралы хат жіберген. Министрліктің Газ өнеркәсібі департаменті акционерлік қоғамға заңсыз жағу әрекетінің заң бұзушылық болып табылатынын түсіндірген.
Бірақ түсініксіз себептермен біраз уақыттан кейін аталған департаменттің директоры Толымбаев өз өкілеттігін пайдалана отырып, бұл кеніш бойынша жалпы көлемі 979 млн шаршы метр ілеспе газды жағуға шешім қабылдаған.