Республикада "нөлдік" ставка бойынша ҚҚС-ты өтеу негізінен мұнай, металл және басқа шикізат зкспорттайтын ірі ұйымдарға, сондай-ақ отандық тауар ендірушілерден тауарлар сатып алатын және оларды экспортқа жіберетін делдалдарға колданылады. ҚҚС-ты қайтарудың қолданыстағы тетігі жоғары косылған құнмен тауарлар шығаратын және кызметтер керсететін шаруашылық жүргізуші субъектілерді қолдауға бағытталмаған.
Республикада "нөлдік" ставкамен салық салынатын айналымдар бойынша ҚҚС-ты кайтаруды нормативтік-әдістемелік қамтамасыз ету тиісті дәрежеде жүзеге асырылмай отыр. ҚҚС төлеушінің жеткізушісіне тексеру тағайындау тәртібі, ҚҚС сомасының дұрыстығын растауды салықтық тексеру тәртібі және халықаралық тасымал қызметтері бойынша ҚҚС-ты өтеудің әдістемесі әзірленіп бекітілген жоқ. Осының барлығы да ҚҚС-ты уақытылы және негізді өтеудің жекелеген жағдайларында жәрдемдеспейді.
Қаржы министрлігі салық комитетінің "Бюджетке түсетін салықтар мен төлемдердің сомалары туралы" 1-Н нысандағы есепті жасау жөнінде бет есептерін жүргізу ережелерінде дипломатиялық және оған теңестірілген өкілдіктерге және қаражаттардың (гранттың) есебінен сатып алынған тауарлар мен келісім-шарттарга өтелген ҚҚС сомасын көрсетілетін норма көзделмеген. Бұл салық есебін бұрмалауға алып келеді. Сөйтіп, есеп комитеті тек 2004 жыл ішіндегі 1-Н нысандағы есепте республикалық бюджеттен 13,2 млрд. теңге КҚС-тың өтелгені көрсетілмеген.
Салық қызметі органдарының, прокуратуралардың, кеден органдары мен каржы полициясы органдарының өзара іс-қимылы туралы бірлескен бұйрығын қабылдау "кедендік режимдегі тауарларды экспорттауда "нөлдік ставка" бойынша салық салынатын айналымдар бойынша салықтық тексерулер жүргізу кезінде косымша құнға салынатын салықты заңсыз кайтаруға қарсы әрекет бойынша, ҚҚС-ты негізсіз қайтаруды болдырмау мәселелерінде бақылауды күшейте отырып, сонымен бір мезгілде ҚҚС-ты қайтару рәсімін созып жіберуге жағдай туғызды. Осы жағдай ҚҚС-ты қайтару мерзімі бойынша салық заннамасын жүйелі түрде бұзушылыққа алып келеді. Есеп комитетінің Алматы қалалық салық комитетіне жүргізген тексеруі 2003 жылы 60 жұмыс күні ішінде 37% тіркелген өтініштер дер кезінде тексеріліп, ҚҚС өтелді, ал 2004 жылы 17 пайызы ғана жүзеге асырылды. 2004 жылы Ақтөбе облысы бойынша төлеушілердің 30 өтініші бойынша қайтару мерзімін бұза отырып б 690,4 млн. теңге сомасында ҚҚС өтелді. Жүргізілген талдау салық төлеушілер тауар-материалдық құндылықтарды жеткізушілерге соңғысының бюджетке салық төлемей-ақ ҚҚС-ты өтеу сомасын алуға байланысты схемалардың кеңінен таралғанын көрсетті. Сонымен бірге, Есеп комитетінің пікірі бойынша жалған шот-фактураларды анықтау жөнінде электрондық есептерді одан әрі жетілдіру салық салудан жалтарудың схемалары мен әдістерін барынша нәтижелі анықтауға мүмкіндік береді.
Бақылау іс-шараларының нәтижелері бойынша есеп комитеті Қазақстан Республикасының үкіметіне Қазакстан Республикасының Салық кодексіне және нөлдік ставкамен және тауарларды жоғары косылған құнмен сататын отандық тауар өндірушілерді қолдауды қамтамасыз ету мақсатында ҚҚС-ты кайтару тетігін жетілдіру жөніндегі басқа да нормативтік құқықтық актілерге өзгеріс пен толықтыру енгізу ұсынылған қаулы қабылдады,
Есеп комитеті өткен отырыстың қорытындылары бойынша тексерілген нысандардағы кемшіліктерді жою және аталған бұрмалаушылыққа жол берген лауазым иелерін жауапқа тартуға шара қолдануды ұйғарды.