Шанхай Ынтымақтастығы Ұйымының атқарушы хатшылығы ұйымның жұмысшы органы ретінде Қытай астанасында тұрақты негізде жұмыс істейді. Ұйымның бірінші атқарушы хатшысы болып Қытай Халық Республикасының Ресейдегі бұрынғы елшісі Чжан Дэгуан бекітілді. Шанхай Ынтымақтастығы Ұйымының екінші негізгі органы - Лаңкестікпен күрес жөніндегі аймақтық орталық 2004-жылы Ташкентте жұмыс істей бастауы тиіс.
Сол күні, 15-қаңтарда Пекинде Шанхай Ынтымақтастығы ұйымына мүше елдердің сыртқы істер министрлерінің кеңесі өтіп, онда негізгі халықаралық және аймақтық мәселелер талқыланады.
Шанхай Ынтымақтастығы Ұйымына Қытай, Қазақстан, Қырғызстан, Ресей және Тәжікстан тәрізді 6 мемлекет мүше болып табылады.