РФ Қаржы министрлігінің түсініктемесіне сәйкес, Байқоңыр қалалық бюджетінің кіріс-шығысының тепе-теңдігін қамтамасыз етуге арналған мемлекеттік дотация РФ мен ҚР арасындағы 1995-жылдың 23-желтоқсанында қол қойылған Байқоңырдың мәртебесі, қаланың атқарушы билік органдарын қалыптастыру және олардың мәртебесі туралы келісімнің 12-бабына сәйкес бөлінеді.
Қалалық бюджеттің күрделі қаржы және көші-қон шараларын қаржыландыру шығындарына өзіндік қаржы көздерінің қаражаты толық жетпеуге байланысты 2006-жылдан бастап Ресейдің федералдық бюджетінен Байқоңыр қаласының бюджетіне инфрақұрылымдық нысандарды ұстап тұруға арналған дотация қарастырылды. Атап айтсақ, ғарыш айлағын жалға алуға байланысты нысандарға 671,8 млн. рубльдің, күрделі қаржыға субвенция ретінде 208,7 млн. рубльдің, азаматтарды көшіруге 154,1 млн. рубльдің дотациясы бөлінбекші. Алдағы жылдарға тұтыным бағасының өсім деңгейіне жасалған болжамға сәйкес дотациялар мен субвенциялар қарастырылды.
«2004-2005-жылдары Ресейдің федералдық бюджетінде Байқоңырға қаржы бөлінген жоқ. Оған себеп, 2001-жылы салық жеңілдігіне ие болған ірі салық төлеушілерден қалалық бюджетке 2003-жылы ауқымды қосымша кіріс түсуге байланысты 2004- жыл басында бюджетте ірі көлемде қалдық қалған»,- делінген қаржы министрлігінің түсініктемесінде.