Кеңестің жұмыс бағдарламасына аймақтық антитеррорлық құрылымының жұмыс құжаттарының жобасын қарау, лаңкестік және экстремизммен күрес бойынша ортақ ұстанымды айқындау, Шанхай ынтымақтастық ұйымы мемлекет басшыларының 2005-жылғы шілде айында Астанада өтетін саммитінде қаралуы тиіс құжаттар топтамасын әзірлеу енгізілген. Сондай-ақ аймақтағы жалпы ахуал мен ұйымға мүше-елдердің тұрақтылығы мен қауіпсіздігіне төнген қауіп-қатерлер туралы талқыланады. Кеңеске ҚР ҰҚК төрағасының бірінші орынбасары Владимир Божко төрағалық жасайды.
Шанхай ынтымақтастық ұйымына Қазақстан, Қытай, Қырғызстан, Ресей, Өзбекстан және Тәжікстан кіреді.