С. Шәпкенов 1979 жылы Орал облысы, Қаратөбе ауданы, Қаратөбе ауылында дүниеге келген.
Білімі жоғары, мамандығы — экономист. Еңбек жолын Батыс Қазақстан мемлекеттік университетінде оқытушы болып бастаған, БҚО әкімдігі қоршаған ортаны қорғау қорының жетекші маманы, БҚО әкімдігі табиғи ресурстарды басқару дирекциясының жетекші маманы, БҚО әкімдігі қаржы бөлімінің жетекші және бас маманы, БҚО экономика және бюджеттік жоспарлау департаментінде бөлім басшысы, ауыл шаруашылығы департаментінде директордың орынбасары, экономика және бюджеттік жоспарлау басқарма басшысының орынбасары және бірқатар басшылық қызметтерді атқарған.
2012-2014 жылдары БҚО әкімінің орынбасары, бірінші орынбасары болған. 2015 жылдың қаңтар айынан бері — ҚР Президенті әкімшілігі Мемлекеттік бақылау және аумақтық-ұйымдастыру жұмысы бөлімінің инспекторы қызметін атқарды.